うれしい話を聞いたと息を弾ませて帰ってきたのぶ（今田美桜）。アンパンマンに何か足りないと感じていた嵩（北村匠海）は、のぶの話を聞いて悪役を描き始める。それから2年の月日がたち、愛すべき悪役のバイキンマンは子どもたちに人気のキャラクターに。そんなある日、蘭子（河合優実）が嵩にバイキンマンが生まれた理由を尋ねると、聞いていた八木（妻夫木聡）は押し黙り……。そして嵩は、次々とキャラクターを生み出していく。